艾德—薇拉说
劳勃·拜拉席恩隐约记得听说过奈德在篡夺者战争中和一个少女上过床。在他们离开临冬城经国王大道赶赴君临城的时候，劳勃在闲聊时询问艾德“你私生子的母亲”的名字，奈德回答她的名字是“薇拉”(Wylla)，但是拒绝再谈更多。劳勃则感叹“薇拉”能让艾德忘记荣誉肯定是个不同凡响的女人。
卷三《冰雨的风暴》中艾莉亚·史塔克在与无旗兄弟会同行时邂逅了兄弟会首领贝里·唐德利恩的侍从艾德瑞克·戴恩，他声称服务星坠城多年的乳母薇拉就是琼恩的母亲，自己和琼恩是乳奶兄弟。艾莉亚从未听说过这种说法，一开始认为艾德瑞克是在捉弄她，但艾德瑞克以自己家族名誉发誓所言据实，艾莉亚因此决定记住这个传闻，如果有机会就通知琼恩。
艾德—渔夫之女说
卷五《魔龙的狂舞》中，甜姐岛伯爵高德瑞奇·波内尔伯爵告诉戴佛斯·席渥斯，在篡夺者战争早期，奈德·史塔克需要偷渡回到北境召集封臣起义，一个渔夫和他的女儿秘密帮助他从五指半岛搭船穿过咬人湾，沿途遇到暴风雨，渔夫在风暴中死去，但是渔夫女儿继续努力，终于成功在船沉之前带着奈德到达三姐妹群岛。按照波内尔伯爵的说法，奈德“把一袋银币和一个私生子留给了她”，而她以琼恩·艾林公爵的名字给儿子起名。
雷加—莱安娜说
有许多读者根据书中众多的隐晦描写和暗示，推断出琼恩并非艾德·史塔克之子，而是坦格利安王朝末代储君雷加·坦格利安和艾德的妹妹莱安娜·史塔克之子，艾德其实是琼恩的舅舅，只是为了隐瞒他的身份才谎称是自己私生。这个推测从《冰与火之歌》卷一《权力的游戏》发行后就开始在书迷圈内流行，在电视剧集热播后更是通过网络开始扩散，这也就是冰火迷中最广为流传的“R+L=J”说(Rhaegar 雷加 +Lyanna 莱安娜 =Jon 琼恩)。
篡夺者战争的导火索是雷加和莱安娜于赫伦堡比武大会后一起失踪，外界传闻莱安娜被雷加掳走强奸，莱安娜的大哥布兰登·史塔克一怒之下，从迎娶凯特琳·徒利的迎亲途中改道闹上君临城，结果导致自己和父亲瑞卡德·史塔克公爵一行全被“疯王”伊里斯·坦格利安二世杀害。疯王意图斩草除根，命令谷地领主琼恩·艾林公爵交出其养子艾德·史塔克和劳勃·拜拉席恩(莱安娜的未婚夫)的人头，才集体逼反了北境、谷地、河间地、风暴地四方诸侯。而这期间雷加一直不知所踪，直到鸣钟之役起义军得胜会师后，雷加才重新出现。他将莱安娜留在多恩北部的极乐塔(Tower of Joy)后，北上回京接管军队保卫他家族的王朝。之后他在三叉戟河会战与劳勃单挑，结果命丧红宝石滩，王室军彻底溃散，叛军掌握了决定性的战略优势，敲响了坦格利安王朝的丧钟。
在君临城陷落后，南下收拾战场的艾德和他的六名同伴(霍兰·黎德、威廉·达斯丁、伊森·葛洛佛、马丁·凯索、席奥·渥尔和马克·莱斯威尔)前往极乐塔，但是遭到驻扎在那里的三名御林铁卫成员——铁卫队长“白牛”杰洛·海塔尔爵士、奥斯威尔·河安爵士以及“拂晓神剑”亚瑟·戴恩爵士的阻挡。艾德试图劝说对方撤退被拒绝，双方随后发生激战，交战的十人最后只有艾德本人及他的好友霍兰·黎德两人幸存。艾德后来回忆起战斗后他在塔内找到妹妹，发现她在“血床”上高烧濒死，眼中充满恐惧，临死前她要求艾德答应一个承诺(这在艾德的回忆中多次有所提及)，而艾德许诺后莱安娜“眼中所有的恐惧全都消散”。有读者怀疑莱安娜的“血床”其实是产后血崩，加上书中多次提到莱安娜是个性格刚强甚至比骑士还要勇敢的女人，能让她有所恐惧的只可能是对自己孩子未来的恐惧，临死前要求哥哥的许诺应该就是托孤，而对莱安娜的承诺也成为了缠绕艾德14年的梦魔，成为了“最好永远埋藏”、“太危险，不能与他人分享，即便是那些你所深爱和相信的人”的秘密。而之所以艾德对琼恩的身世三缄其口，最大原因应该是劳勃对雷加的夺爱之恨切齿难忘并多次表示要杀尽所有坦格利安家族的余脉。艾德瑞克.戴恩伯爵曾告诉艾利亚·史塔克，琼恩和他是乳奶兄弟。以此看来，琼恩应该是出生于多恩并在戴恩家族领地附近住过，而极乐塔刚好相邻星坠城(戴恩家族领地)不太远。
红袍女梅丽珊卓多次向火焰中祈祷希望光之神拉赫洛让她看到传说中的预言之子，结果每次都只看到了“雪诺”。琼恩也曾梦见自己身披玄冰铠甲手持火焰长剑与尸鬼战斗，和预言中的描述一致。而根据书中记载，杰赫里斯·坦格利安二世(疯王的父亲，雷加和丹妮莉丝的祖父)曾听一位森林女巫(被怀疑就是艾莉亚遇见的那位“高尚之心的鬼魂”)预言传说中的“预言中的王子”(Prince that was Promised)将在他的后代中出现，他因此安排了自己的儿子伊里斯·坦格利安(也就是疯王)和女儿蕾拉结婚。而雷加也正是因为听说了这个预言才立志要实现命运的安排，弃文从武将自己从改造成了骑士。在他的第二个孩子伊耿出世后，雷加断定伊耿就是预言中的王子，但因为传说“龙有三头”，他一直在期盼还能有第三个孩子，可是妻子伊莉亚·马泰尔因为健康问题已经不能生育。在赫伦堡比武大会遇到莱安娜后，雷加忽视妻子在众目睽睽之下将“爱与美的王后”的桂冠送给了莱安娜，随后两人双双失踪(按照书中间接描写，雷加和莱安娜是真心相爱，应该是私奔。相比风流成性的劳勃，受到万民爱戴，文武双全的雷加肯定更好)。战争末期，雷加居然安排了三名御林铁卫留下守卫莱安娜(要知道当时疯王身边也只有一名铁卫保护)，其中队长杰洛·海塔尔还是疯王命令专程来寻找雷加回京的。这三名铁卫不回京保护王室(疯王，伊莉亚和雷加的两个孩子)，也不随军协助太子平叛，而是滞留在山里守护一个女人并且宁死不撤，在君临的王室都被杀以后也不到龙石岛保护剩余的王室成员(怀了孩子的王后和韦塞利斯)，除非他们认准莱安娜对王朝有着举足轻重的重要性(怀有王室继承人)，否则实在是让人无法理解。
丹妮莉丝·坦格利安在魁尔斯不朽之殿中看到的幻象之一是一面巨大冰墙上长出了蓝色的花——蓝花(冬雪玫瑰)向来是莱安娜的象征，而冰墙明显是指绝境长城，这证明加入了长城守夜人的琼恩与莱安娜有非常直接的关系。艾德曾经无意间想起雷加，之后联想到莱安娜，随后思维马上就跳到琼恩，这在逻辑上是十分反常的。
另外，艾德在书中提起琼恩时只说是“我的血脉”(my blood)，而不是“我的儿子”——小说中南逃的野人试图打劫布兰·史塔克时也形容他是“班扬·史塔克(布兰的叔叔)的血脉”，珊莎·史塔克在见到自己的姨妈莱莎·徒利时想到的也是“我的骨肉至亲”(my flesh and blood)，可见艾德只示意了琼恩与他是有血缘关系，并未明确说明是父子关系。艾德在地牢里等死时逐个回想起自己的孩子，但是没有将琼恩包括在内，而平时他对琼恩却是最关怀照顾的，这是个很有意思的细节。
而且艾德本人毕生对保持人格和荣誉完整有种旁人难以想象的执着(甚至可以算是迂腐愚蠢)，因此书中从多个角度从多个角色的口中反复指出很难想象他会背叛新婚妻子凯特琳在外生有私生子。艾德在回忆中承认自己曾经撒了一个谎，“一个15年的谎言，我也为这个谎言付出巨大的代价”，所以我们可以推断，艾德持续了15年的隐瞒了一个真相甚至不惜付出巨大代价(影响自己的夫妻和睦以及自己的荣誉)，当时琼恩的年龄刚好15岁，这里推断，这个谎言应该和琼恩的身世有关(如果不是，也是非常惊天动地的大事)，而琼恩的真实身世则呼之欲出。坚守信诺的艾德在和自己女儿谈到谎言时候有点闪烁其词，也能看出一些不同寻常。
接受绿先知训练的布兰与鱼梁木通灵后，回望过去看到了父亲在心树前祈祷旧神保佑罗柏和琼恩“长大以后亲如兄弟，彼此间只有爱”——如果琼恩真是艾德的亲生儿子，他和罗柏两人本身就是兄弟，艾德没有必要强调“亲如兄弟”。
尽管外貌上，琼恩并无坦格利安家族的特征，然而需要注意的是，坦格利安族人多银发紫眸是近亲结婚的结果，与其它家族通婚的时候生下来的孩子并不一定会有瓦雷利亚人的外貌特征。比较有名的例子是“庸王”伊耿四世的私生子“寒铁”伊葛·河文(母亲是河间地人)、“贤王”戴伦二世的长子“断矛”贝勒太子(母亲是多恩人)、劳勃的父亲史蒂芬·拜拉席恩公爵(母亲是坦格利安公主)以及雷加的长女蕾妮丝公主(母亲是多恩人)，他们都没有瓦雷利亚人的特征。坦格利安家族的基因遗传性较差属于隐性基因，所以才需要近亲结婚来保持家族特征，史塔克家族的遗传特征很有可能作为显性基因会盖过对方那另一半。此外一些读者错误的观念认为，琼恩曾经被火烧伤因此不可能有坦格利安血统，而书中明确记载坦格利安族人并非不怕火，历史上有许多人死在龙焰和野火之下。
随着艾德·史塔克的被杀，极乐塔事件的真相见证人就只有灰水望领主霍兰·黎德一人尚存，而他在故事发展至今尚未露面。作者马丁曾在2001年9月1日在费城举行的世界科幻展中保证，黎德会在之后的小说中出场。
第六季第二集琼恩被红袍女复活，且在第三集辞去守夜人总司令职务。
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